Core Unit Mass Spectrometry and Proteomics (CUMP)

Die Core Unit Mass Spectrometry and Proteomics (CUMP) bietet allen Arbeitsgruppen des Klinikums und der Universität Ulm sowie externen Firmen und akademischen Institutionen, die Möglichkeit modernste Proteomforschung durchzuführen.

Die CUMP betreibt derzeit eine Thermo Scientific Orbitrap Velos Pro, welche online mit einer Dionex RSLCnano uPLC gekoppelt ist. Diese Kombination erlaubt die Identifizierung und Quantifizierung tausender Proteine und Post-Translationaler Modifikationen. Zusätzlich betreibt die CUMP eine multi-dimenisonale HPLC Anlage zur Auftrennung von Peptiden und Proteinen mittels Kationenaustauscher- (SCX) oder Größenausschlusschromatographie (SEC).

Die Leistungen der CUMP umfassen dabei alle Schritte proteomischer Studien. Von der Konzeptionierung, über die experimentelle Planung bis hin zu praktischen Anwendungstipps erfahren sie eine ausführliche Beratung durch die Mitarbeiter der CUMP. Mit der SDS-PAGE und SCX-Chromatographie stehen potente Methoden zur Probenfraktionierung zur Verfügung. Bei der massenspektrometrischen Analyse können verschiedene Fragmentierungstechniken (CID, HCD, MSA) eingesetzt werden. Zur Datenauswertung und statistischen Analyse steht eine Vielzahl unterschiedlicher Programme und Lösungen zur Verfügung.

Die in der CUMP etablierten Methoden und Technologien ermöglichen die Bearbeitung eines breiten Spektrum biologischer und medizinischer Fragestellungen. Dabei können sowohl komplizierte qualitative als auch quantitative Analysen unter Einsatz aller gängigen Methoden (Label-frei, SILAC, isobare Reagenzien) durchgeführt werden.

Die Leistungen der CUMP im Überblick:

  • Protein/Peptidfraktionierung (SDS-PAGE, SCX-Chromatographie)
  • Proteolytischer Verdau
  • Peptidanreicherung (TiO2-Anreicherung von Phosphopeptiden)
  • Massenspektrometrische Analyse
  • Bioinformatische Datenauswertung (qualitativ und quantitativ)
  • Statistische Analyse

Instrumentierung

  • Thermo Scientific Orbitrap Velos Pro